E-M5 Mark III的感光元件上配備了高性能的相位檢測自動對焦點，自動對焦性能足以媲美高階型號。相機改良自動對焦時的準確度和加強主體追蹤的能力，並且引入更多便利的功能，例如：C-AF中心優先和C-AF中心開始功能。E-M5 Mark III的自動對焦功能相比以往的型號更先進和更易用。
2,000萬像素Live MOS感光元件上設有相位檢測自動對焦點，TruePic VIII影像處理器能夠進行高速的自動對焦運算。透過使用與E-M1 Mark II相同的相位檢測自動對焦系統，可以實現高速、高準確度的自動對焦性能。
2,000萬像素Live MOS感光元件
TruePic VIII影像處理器
E-M5 Mark III採用滿足專業人士要求的高性能自動對焦系統，許多專業攝影師稱讚相機的出色表現。
S. Joe Srisawathsak
清水哲郎
全十字型相位檢測自動對焦感應器不受主體圖案的影響，可以進行精確對焦。另外，由於感光元件上相位檢測自動對焦點沒有通光量的限制，即使使用F1.2超大光圈鏡頭拍攝也能實現高精度自動對焦。
利用各種類型的資訊（例如：被攝主體的臉部、顏色和形狀）來提高自動對焦的準確度。即使在昏暗的場景和低對比度的被攝主體中，也可以得到高精度自動對焦。
單次自動對焦（S-AF）可以防止焦點跳到背景，即使在被攝主體處於前景和背景中的場景中也是如此。
最高10fps自動對焦／自動曝光追焦連拍（靜音低速連拍）
在曝光期間繼續進行自動對焦可以改善對主體的追蹤，即使被攝主體在連續拍攝期間不斷移動，相機也會繼續按照您的意願精確對焦。
單反相機連續拍攝下的自動對焦操作
E-M5 Mark III連續拍攝下的自動對焦操作配備6種自動對焦目標模式，適用於拍攝小型、大型和快速移動的拍攝主體。
單點自動對焦點：用於拍攝靜態或細小的主體，例如風景和需要三腳架拍攝的題材等。
5點區域自動對焦：針對拍攝移動主體進行了優化（好像進行球類運動），例如足球、欖球等，而又覺得使用「9點自動對焦」的範圍太大
9點區域自動對焦：用於拍攝飛機、快速運動等高速移動的主體。
25點區域自動對焦：移動中的雀鳥和小動物，而又覺得使用「121點自動對焦」的範圍太大。
121點自動對焦：用於拍攝瞬間在整個畫面上移動的主體。
超精細自動對焦點：針對較小區域精確對焦。
在自動對焦目標模式選擇「單點自動對焦點」或「超精細自動對焦點」以外的選項時，可以啟動或關閉C-AF中心優先功能。（預設為啟動）
如果無法使用中心區域的自動對焦點對焦，相機將使用所選對焦區域中的周邊對焦點輔助對焦， 這有助於有效追蹤快速移動的主體。
透過C-AF中心優先功能，於「5點區域自動對焦」、「9點區域自動對焦」及「25點區域自動對焦」模式時，其中心區域的自動對焦點會不斷自動對焦，當中心區域的對焦點無法進行自動對焦的話，其外圍部分的自動對焦點會輔助自動對焦。
在這個設定，於「5點區域自動對焦」、「9點區域自動對焦」及「25點區域自動對焦」模式時，只有原先已設定的中心區域才會自動對焦，然後才會在所選的區域內使用自動對焦。
當主體不斷移動時，密集式的自動對焦點會以綠色顯示，讓您能夠即時檢視移動中主體的那一個部分會被合焦。
利用電子觀景器取景時，可以使用自動對焦目標觸控板來透過顯示屏上的觸控操作來移動自動對焦點，並且能夠在觸控屏幕上點選對焦點和進行觸控自動對焦快門。觀景器和顯示屏都可以實現流暢的自動對焦拍攝。
AF目標觸控板
觸控自動對焦快門
自動檢測人的臉部和眼睛以進行精確對焦。
在對焦過程中，以鏡頭驅動對焦鏡組時所花的時間為最多，這個型號採用了一種設計，能夠在大光圈鏡頭實現快速對焦。
袖珍、輕巧的對焦鏡片設計可實現高速、高精度聚焦。
這個型號驅動器的可以實現高速、高精度、寧靜的自動對焦。